Eurowings, Condor, Emirates und Turkish Airlines nutzen Terminal 1; Lufthansa, Ryanair, Air France und KLM Terminal 2. Die vollständige Zuordnung steht in der Airline-Übersicht, die Flugzeiten auf der Abflugtafel.
Die gemeinsame Sicherheitskontrolle für beide Terminals liegt in der Airport Plaza zwischen Terminal 1 und 2 auf Ebene 1. Mit Slot&Fly lässt sich nach Verfügbarkeit kostenlos ein Zeitfenster reservieren: ab 72 Stunden bis eine Stunde vor dem Abflug, für bis zu fünf Personen je Reservierung. Das Angebot gilt für alle ab Hamburg startenden Flüge. Der Zugang liegt rechts vom Eingang zur Sicherheitskontrolle in Terminal 1; eine Bordkarte ist erforderlich.
Für Familien mit Kindern von null bis sechs Jahren und Reisende mit Mobilitätshilfen von mehr als 50 cm Breite gibt es die Familien- und PRM-Spur in der Airport Plaza. Mit Mobilitätshilfen von mehr als 50 cm Breite sind die Slot&Fly-Spur und die Fastlane aus technischen Gründen nicht nutzbar.